공무집행방해죄는 형법 제8장 공무방해에 관한 죄에 규정되어 있고 그 보호법익은 공무원에 의하여 구체적으로 행하여지는 국가 또는 공공기관의 기능을 보호하고자 하는 데 있다는 점(국가적 법익)에서, 원칙적으로 피해를 입은 공무원은 피해회복의 대상이 아니다. 

이와 관련하여 각급 지방경찰청은 공권력에 항거 행위에 대해 ‘합의불가원칙’ 혹은 ‘합의금지 지침’을 설정하여 당해 공무원이 입은 손해는 배상명령제도를 이용해 전보받으라고 하는 경우가 많았다. 

이와 관련하여, 서울행정법원은 과거 2012구합24924 사건에서 공무집행방해 피의자로부터 상해를 입은 “경찰공무원도 타인으로부터 상해 등 불법행위를 당해 손해를 입은 경우 적절히 배상받을 권리가 있다”며, 이러한 “합의금지 지침은 경찰공무원의 기본권을 침해한다”고 판시한 바 있다. 

그러나 ‘상해’의 정도에 이르지 않은 경찰관에 대한 ‘단순 폭행’의 경우, 합의는 녹록지 않다. 앞서 언급한 합의금지 원칙이 현장에서는 여전히 건재하기 때문이다. 한편 이런 경우 일부 지방경찰서에서는 법무법인과 업무협약을 맺어 유죄가 확정되지도 않은 수사단계에서 선제적으로 지급명령신청을 하는 사례까지 확인된다.  

한편, 「2016.12.5. 의결, 2017.1.15. 시행된 대법원의 공무집행방해범죄 양형기준」에 의하면 감경요소로서 “처벌불원(중하지 않은 상해가 발생한 경우)” 즉 피해 공무원의 처벌을 원하지 않는다는 의사표시를 주요한 감경요소로 평가하고 있는바, ‘합의불가원칙’에 따라, 법원·검찰을 통해서 처벌의사 유무를 물어보는 수밖에 달리 방도가 없어 보인다. 

법무법인 창과방패 형사법전문 박철현 변호사는 “공무집행방해죄의 경우 양형기준 상의 별다른 ‘사후적인 감경사유’가 없어, 처벌불원이 사실상 유일한 사후적 감경사유”라며, “경미한 폭행의 상황을 전제로, 당사자 간에 조속한 피해회복과 처벌불원이 이루어질 수 있는 공적인 기회를 부여하여, 원만히 해결할 제도적 장치 마련이 필요하다”는 의견을 피력했다.